Awal mulanya FE-UNAS merupakan bagian dari Fakultas Sosial Ekonomi Politik Nasional (SEP UNAS, sekarang FISIP UNAS). Atas desakan mahasiswa pada tanggal 19 September 1964 didirikan Fakultas Ekonomi, jurusan ekonomi perusahaan, terpisah dari FISIP UNAS; dipimpin oleh Drs. M. Slamet Saubary sebagai Dekan, dan M. Kamil Tjokroaminoto (Alm) sebagai Sekretaris Fakultas Selama periode 1964 1983.
Saat itu perkuliahan dilakukan berpindah-pindah, mulai dari Jl. Pegangsaan Timur (Public Health), kuliah pada sore hari; SMA PSKD jl. Diponegoro, sore hari setelah jam pelajaran SMA selesai; Bergabung dengan Fakultas Ekonomi Universitas Pancasila di Jl. Borobudur ;
Kemudian ke jl. Perwira (SMPN 4); Tahun 1965, saat pecah G-30-S PKI, mahasiswa UNAS yang bergabung dalam KAMI merebut dua gedung sekolah Cina di Jl. Kalilio 17 19, Senen sehingga FE-UNAS menggunakannya sebagai tempat kuliah antara tahun 1966 1983;
Tahun 1983 UNAS membangun gedung di jl. Sawo Manila Pejaten dan memindahkan kegiatannya di kampus baru tersebut, termasuk Fakultas Ekonomi.
Pada tahun 1985, FE UNAS berhasil meningkatkan statusnya dari terdaftar menjadi DIAKUI, dan bersamaan dengan itu nama jurusan diubah menjadi jurusan Manajemen.
Pada tahun 1985, FE UNAS berhasil meningkatkan statusnya dari terdaftar menjadi DIAKUI, dan bersamaan dengan itu nama jurusan diubah menjadi jurusan Manajemen. Jumlah mahasiswa meningkat terus sehingga pada tahun akademik 1983/1984 hingga sekarang perkuliahan dilakukan pagi dan sore (sebelumnya hanya sore).
Pada tahun 1991/1992 status Jurusan Manajemen Fakultas Ekonomi Universtias Nasional meningkat dari DIAKUI menjadi DISAMAKAN. Tahun 1998, Jurusan Manajemen Fakultas Ekonomi telah terakreditasi dengan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional no. 001/BAN-PT/AK-1/VIII/1998. Dengan status ini, Jurusan Manajemen Fakultas Ekonomi Universitas Nasional telah mengadakan proses belajar-mengajar secara mandiri, sehingga tidak ada ujian negara. Sejak tahun 2000, Fakultas Ekonomi Universitas Nasional membuka jurusan Akuntansi, yang dilegalisasi dengan SK Dirjen Dikti no. 139/DIKTI/Kep/2000, tertanggal 12 Mei 2000, kemudian dikukuhkan hari lahir jurusan Akuntansi pada tanggal 14 Agustus 2000 melalui rapat dosen.
